Distantly related lipocalins share two conserved clusters of hydrophobic residues: use in homology modeling

BACKGROUND: Lipocalins are widely distributed in nature and are found in bacteria, plants, arthropoda and vertebra. In hematophagous arthropods, they are implicated in the successful accomplishment of the blood meal, interfering with platelet aggregation, blood coagulation and inflammation and in the transmission of disease parasites such as Trypanosoma cruzi and Borrelia burgdorferi. The pairwise sequence identity is low among this family, often below 30%, despite a well conserved tertiary structure. Under the 30% identity threshold, alignment methods do not correctly assign and align proteins. The only safe way to assign a sequence to that family is by experimental determination. However, these procedures are long and costly and cannot always be applied. A way to circumvent the experimental approach is sequence and structure analyze. To further help in that task, the residues implicated in the stabilisation of the lipocalin fold were determined. This was done by analyzing the conserved interactions for ten lipocalins having a maximum pairwise identity of 28% and various functions. RESULTS: It was determined that two hydrophobic clusters of residues are conserved by analysing the ten lipocalin structures and sequences. One cluster is internal to the barrel, involving all strands and the 310 helix. The other is external, involving four strands and the helix lying parallel to the barrel surface. These clusters are also present in RaHBP2, a unusual "outlier" lipocalin from tick Rhipicephalus appendiculatus. This information was used to assess assignment of LIR2 a protein from Ixodes ricinus and to build a 3D model that helps to predict function. FTIR data support the lipocalin fold for this protein. CONCLUSION: By sequence and structural analyzes, two conserved clusters of hydrophobic residues in interactions have been identified in lipocalins. Since the residues implicated are not conserved for function, they should provide the minimal subset necessary to confer the lipocalin fold. This information has been used to assign LIR2 to lipocalins and to investigate its structure/function relationship. This study could be applied to other protein families with low pairwise similarity, such as the structurally related fatty acid binding proteins or avidins.Journal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tSCOPUS: ar.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

Highly specific and sensitive non-radioactive molecular identification of Phytophthora cinnamomi

In response to the need for a faster, more reliable method for identifying Phytophthora cinnamomi in cork oak soils in Portugal, a simple, fast, sensitive molecular identification method is described. It is based on a colorimetric assay which involves an oligonucleotide capture probe covalently immobilised on microtitration wells, a multi-biotinylated oligonucleotide detection probe and the PCR-amplified target DNA. The target DNA is a 349 bp DNA fragment partially covering the 3'-translated and 3'- untranslated regions of the cinnamomin gene. When the specificity of the PCR reaction was evaluated in vitro using isolates of P. cinnamomi and eight other Phytophthora species, including the related P. cambivora, it was specific to P. cinnamomi. When 30 isolates of P. cinnamomi from oak roots in southern Portugal were assayed, 26 gave a strong positive response. The assay has a sensitivity of about 2±5 genome equivalents of P. cinnamomi. The reason for the negative response of four isolates remains unclear

Infección simultánea de ninfas de Ixodes ricinus por dos especies de Borrelia burgdorferi Sensu Lato: posibles implicaciones de las manifestaciones de clínicas

Los datos de estudios Europeos indican que en humanos, genoespecies particulares de Borrelia burgdorferi pueden asociarse con las manifestaciones clínicas específicas de la enfermedad de Lyme. Las infecciones por B. burgdorferi sensu stricto tienden a conducir a síntomas artríticos, mientras que las infecciones por B. garinii parecen ocasionar complicaciones neurológicas. Las manifestaciones cutáneas tardías (acrodermatitis) parecen estar asociadas con B. afzelii (1). Las manifestaciones clínicas mixtas han sido también descritas (2). Recientemente se ha demostrado, mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que el DNA de más de una de las tres especies de Borrelia asociadas con la enfermedad de Lyme en Europa estaban presentes en los fluidos biológicos de los pacientes de enfermedad Lyme (3). Estos datos generan la pregunta en lo que concierne al crecimiento relativo de especies de Borrelia después de una mordedura por una garrapata dualmente infectada, la importancia clínica de la infección humana ocasionada por más de una de las especies de Borrelia, y el origen de estas infecciones múltiples. Este último punto evoca la siguiente pregunta: ¿Estas infecciones resultan de las mordeduras consecutivas por dos garrapatas infectadas o desde una única mordedura por una garrapata infectada por más de una especie?Facultad de Ciencias Veterinaria

Infección simultánea de ninfas de Ixodes ricinus por dos especies de Borrelia burgdorferi Sensu Lato: posibles implicaciones de las manifestaciones de clínicas

Los datos de estudios Europeos indican que en humanos, genoespecies particulares de Borrelia burgdorferi pueden asociarse con las manifestaciones clínicas específicas de la enfermedad de Lyme. Las infecciones por B. burgdorferi sensu stricto tienden a conducir a síntomas artríticos, mientras que las infecciones por B. garinii parecen ocasionar complicaciones neurológicas. Las manifestaciones cutáneas tardías (acrodermatitis) parecen estar asociadas con B. afzelii (1). Las manifestaciones clínicas mixtas han sido también descritas (2). Recientemente se ha demostrado, mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que el DNA de más de una de las tres especies de Borrelia asociadas con la enfermedad de Lyme en Europa estaban presentes en los fluidos biológicos de los pacientes de enfermedad Lyme (3). Estos datos generan la pregunta en lo que concierne al crecimiento relativo de especies de Borrelia después de una mordedura por una garrapata dualmente infectada, la importancia clínica de la infección humana ocasionada por más de una de las especies de Borrelia, y el origen de estas infecciones múltiples. Este último punto evoca la siguiente pregunta: ¿Estas infecciones resultan de las mordeduras consecutivas por dos garrapatas infectadas o desde una única mordedura por una garrapata infectada por más de una especie?Facultad de Ciencias Veterinaria

Infección simultánea de ninfas de Ixodes ricinus por dos especies de Borrelia burgdorferi Sensu Lato: posibles implicaciones de las manifestaciones de clínicas

Los datos de estudios Europeos indican que en humanos, genoespecies particulares de Borrelia burgdorferi pueden asociarse con las manifestaciones clínicas específicas de la enfermedad de Lyme. Las infecciones por B. burgdorferi sensu stricto tienden a conducir a síntomas artríticos, mientras que las infecciones por B. garinii parecen ocasionar complicaciones neurológicas. Las manifestaciones cutáneas tardías (acrodermatitis) parecen estar asociadas con B. afzelii (1). Las manifestaciones clínicas mixtas han sido también descritas (2). Recientemente se ha demostrado, mediante el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que el DNA de más de una de las tres especies de Borrelia asociadas con la enfermedad de Lyme en Europa estaban presentes en los fluidos biológicos de los pacientes de enfermedad Lyme (3). Estos datos generan la pregunta en lo que concierne al crecimiento relativo de especies de Borrelia después de una mordedura por una garrapata dualmente infectada, la importancia clínica de la infección humana ocasionada por más de una de las especies de Borrelia, y el origen de estas infecciones múltiples. Este último punto evoca la siguiente pregunta: ¿Estas infecciones resultan de las mordeduras consecutivas por dos garrapatas infectadas o desde una única mordedura por una garrapata infectada por más de una especie?Facultad de Ciencias Veterinaria

OspA heterogeneity of Borrelia valaisiana confirmed by phenotypic and genotypic analyses

BACKGROUND: Although European Borrelia burgdorferi sensu lato isolates have been divided into five genospecies, specific tools for the serotype characterization of only three genospecies are available. Monoclonals antibodies (mAbs) H3TS, D6 and I17.3 identify B. burgdorferi sensu stricto (ss.), B. garinii and B. afzelii respectively, but no mAbs are available to identify B. valaisiana. In the same way, specific primers exist to amplify the OspA gene of B. burgdorferi ss., B. garinii and B. afzelii. The aim of the study was to develop species-specific mAb and PCR primers for the phenotypic and genetic identification of B. valaisiana. RESULTS: This study describes a mAb that targets OspA of B. valaisiana and primers targeting the OspA gene of this species. As the monoclonal antibody A116k did not react with strains NE231, M7, M53 and Frank and no amplification was observed with strains NE231, M7 and M53, the existence of two subgroups among European B. valaisiana species was confirmed. CONCLUSIONS: The association of both monoclonal antibody A116k and primers Bval 1F and Bval 1R allows to specific identification of the B. valaisiana isolates belonging to subgroup 1

Anticoagulation With an Inhibitor of Factors XIa and XIIa During Cardiopulmonary Bypass

peer reviewedBackground: Exposure of blood to polyanionic artificial surfaces, for example, during cardiopulmonary bypass (CPB), induces a highly procoagulant condition requiring strong anticoagulation. Unfractionated heparin (UFH) is currently used during CPB but can lead to serious bleeding complications or development of a hypercoagulable state culminating in life-threatening thrombosis, highlighting the need for safer antithrombotics. Ixodes ricinus contact phase inhibitor (Ir-CPI) is a protein expressed by I. ricinus ticks, which specifically inhibits both factors XIIa and XIa, 2 factors contributing to thrombotic disease while playing a limited role in hemostasis. Objectives: This study assessed the antithrombotic activity of Ir-CPI in animal contact phase-initiated thrombosis models, including CPB. The safety of Ir-CPI also was evaluated. Methods: The authors evaluated the antithrombotic activity of Ir-CPI by using in vitro catheter-induced clotting assays and rabbit experimental models of catheter occlusion and arteriovenous shunt. During CPB with cardiac surgery in sheep, the clinical applicability of Ir-CPI was investigated and its efficacy compared to that of UFH using an uncoated system suitable for adult therapy. Taking advantage of the similar hemostatic properties of pigs and humans, the authors performed pig liver bleeding assays to evaluate the safety of Ir-CPI. Results: Ir-CPI prevented clotting in catheter and arteriovenous shunt rabbit models. During CPB, Ir-CPI was as efficient as UFH in preventing clot formation within the extracorporeal circuit and maintained physiological parameters during and post-surgery. Unlike UFH, Ir-CPI did not promote bleeding. Conclusions: Preclinical animal models used in this study showed that Ir-CPI is an effective and safe antithrombotic agent that provides a clinically relevant approach to thrombosis prevention in bypass systems, including highly thrombogenic CPB. © 2019 The Author